Главный герой по имени Торк обвинён в жестоком убийстве своей семьи — жены Кармен и двоих детей. При этом он совершенно не помнит, как совершал убийство и совершал ли вообще. Несмотря на то, что он от пережитого шока совсем перестал говорить, суд признаёт его вменяемым и отправляет в тюрьму Эббот (Abbot State Penitentiary) на острове Карнэйт, штат Мэриленд. Одно название этой тюрьмы наводит страх не только на охранников, но и на бывалых заключенных. Её история начинается в XVI веке, в период, когда на острове обитала община пуритан. Одиннадцать местных жителей обвинили трёх девочек в ведовстве, в результате чего тех сожгли заживо. После на острове содержались на принудительных работах колонисты. Затем здесь был организован концентрационный лагерь для пленных нацистов.

Действие начинается в первый же вечер по прибытии Торка в Эббот. Как только Торк оказывается в своей камере, Эббот начинают сотрясать подземные толчки. Вслед за этим из всех тёмных закоулков начинает вылезать накопившееся там зло. Выбравшись из камеры, Торк сталкивается с полчищами разнообразных монстров, которые, как он позже узнаёт, являются воплощением когда-то бывших здесь заключенных… и не только их.

Игра представляет собой шутер от третьего лица, но есть возможность переключаться на вид от первого. Сохранение производится посредством контрольных точек. Быстрого сохранения нет, все сохранение производится через меню.

Отличительной особенностью игры является превращение в монстра, но только, когда жёлтая шкала бешенства будет мигать. Её наполнения можно достичь путём уничтожения некоторого количества монстров. В этом режиме Торк намного сильней, но следует следить за шкалой, ибо когда она закончится, он начнёт умирать. Также шприцы с ядом, запущенные Торчками, превращают Торка обратно в человека.

В зависимости от поведения игрока в игре доступны три концовки:

Отрицательная — активируется при условии, что игрок будет убивать всех подряд, в том числе охрану (не относится к подчиненным Харгрейва) и заключенных (за исключением враждебно настроенной группы в прогулочном дворе). Убийство охранника в газовой камере считается за злодеяние. В таком случае Торк превратится в монстра, убьет спасателя и разломает катер. В заставке выяснится, что семью убил сам Торк. Также игроку продемонстрируется нарезка видео с разработчиками игры, в которой они всячески ругают и оскорбляют Торка.
Нейтральная — охрану и заключенных убивать не нужно, но и помогать не стоит. Тогда спасатель сообщит Торку, что его переводят в другую тюрьму. Торк вырубит спасателя и сам встанет за штурвал. Торк оказывается не виновен, но это раскрывается уже только во второй части.
Положительная — активируется при условии, что игрок будет помогать NPC и защищать их. Добивание смертельно раненого охранника в психушке также считается за хороший поступок. Спасатель сообщит Торку, что его дело будет пересмотрено. Торк также оказывается не виновным, но об этом рассказывается уже в самой игре.

Различные способы прохождения открывают различные страницы в дневнике Клема и разные внутреигровые видеоролики.

Концовки также влияют на начальную заставку The Suffering: Ties That Bind. Для этого игра должна обнаружить на компьютере сохраненные игры от первой части.